Стойко е посещавал четири години килийното училище в Котел. При слаборазвитата грамотност по онова време това се смятало за солидно образование. Тъкмо за това на Стойко било предложено да стане свещеник. Бил ръкоположен през 1762 г.
Софроний започнал книжовната си дейност още като свещеник. Доброто познание на гръцки език му помогнало да се запознае с много книги.
След двата преписа на "История славянобългарска" през 1775 г. отишъл в Свети гора, където престоял шест месеца. Запознал се с българските ръкописи в библиотеките на Зографския и Хилендарския манастир.
Преписва много сборници, молитвеници, а сам той е автор на няколко важни съчинения. Най-известен е автобиографичният му труд "Житие и страдание грешнаго Софрония", където на достъпен език описва теглилата на българския народ. През 1806 г. отпечатва "Неделник" - сборник от поучения за неделните и празничните дни, който станал толкова популярен, че го нарекли "Софроние".